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咽拭子除了用于核酸检测还可以用在急性化脓性扁桃体炎、急性咽喉炎、白喉等呼吸疾病。主要操作方法是取出分泌物后，进行相应的实验室检查，可得知患者主要以哪种细菌为主，医生会根据培养细菌的药敏结果作为临床用药的重要依据。因此，对于上述疾病的诊断，咽拭子检查是非常有必要的。患者在接受咽拭子检查时，可能会出现轻度的神经反射，但大部分人可以耐受。白喉、急性化脓性扁桃体炎、急性咽喉炎等疾病常用咽拭子检查。咽拭子检查是取咽喉部的分泌物，进行细菌培养，然后再根据细菌进行药敏试验。咽拭子检查的结果可以为临床医生的准确用药提供重要的依据。
鼻拭子和咽拭子区别主要在于留取标本位置、材质不一样，通常一样准确。咽拭子是在咽部，鼻拭子需要到鼻腔里，不是外鼻腔，是需要用比较长的拭子，缓缓旋转送到鼻腔深部，所以取材的部位不一样。鼻拭子情况特殊，材质比较软，便于通过鼻腔到达鼻腔深部，采取的过程可能会比咽拭子时间长。鼻拭子和咽拭子相比，鼻拭子会更加痛苦一些。由于咽拭子是通过棉签沾取咽喉部位的分泌物进行监测的，在此过程中，被检测者可能只会出现恶心呕吐的症状，而并不会出现其他明显的疼痛感。鼻拭子是将棉签插入鼻腔的深处沾取分泌物进行监测的，在整个过程中，患者会出现比较强烈的疼痛反应，并且这种疼痛感持续的时间比较久，甚至还可能会出现流鼻血的症状。
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