[VIP第1年] 指数:3
什么样本可以做二代测序？②
组织样本
新鲜组织：如手术切除的**组织、活检组织等。新鲜组织样本中的细胞完整性较好，能够提供高质量的DNA和RNA。在**研究中，对新鲜**组织进行全基因组测序、转录组测序等，可以深入了解**的基因突变、基因表达变化等情况。例如，在研究结直肠*的发病机制时，对手术切除的结直肠*组织及其*旁组织进行测序，比较两者之间的差异，以发现**相关的基因变异和表达调控异常。
福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织：这是临床上常用的保存组织样本的方式。FFPE组织中的DNA和RNA会有一定程度的损伤和降解，但经过适当的提取和修复处理后，仍然可以用于二代测序。在回顾性研究中，大量的FFPE组织存档样本可以被利用起来。例如，对多年前保存的乳腺*FFPE组织进行测序，研究乳腺*的疾病进展和***反应相关的基因变化。 denovo测序是二代测序吗？青海嘉安健达二代测序检测
③二代测序一般多久出结果？
3、测序深度和覆盖度要求
测序深度是指每个碱基被测序的平均次数，覆盖度是指测序获得的碱基占整个基因组（或目标区域）的比例。如果要求高测序深度和高覆盖度，比如进行**全基因组的深度测序（测序深度可能达到100X甚至更高），需要更长的测序时间来获取足够的数据，并且后续的数据处理和分析也会更复杂。而对于一些简单的基因筛查项目，测序深度要求较低（如10X-20X），相应的测序和分析时间会缩短。例如，低深度全外显子测序用于筛查常见突变，测序可能在3-5天完成；而高深度的全外显子测序用于检测低频体细胞突变，可能需要7-10天甚至更久。 上海哪里有二代测序分析RNA测序也是二代测序。
不同二代测序技术平台的速度
Illumina 测序平台：这是目前市场上应用较为***的二代测序平台之一，其测序速度较快。例如 Illumina NovaSeq 系列，一次运行可以在 1-3 天内产生大量的数据，通量可达数亿甚至数十亿条读长，能够满足大规模基因组学研究和临床检测的需求。
Roche 454 测序平台：Roche 454 测序系统的测序速度也较快，其特点是测序片段比较长，高质量的读长能达到 400bp 左右，一次运行可以在 24 小时左右完成对一定数量样本的测序。
BGISEQ 系列：华大智造的 BGISEQ 系列测序仪在速度上也有出色表现，如全球二代测序速度**快设备 E25 量产，为快速测序提供了有力支持
二代测序—全外显子测序的原理是什么？
全外显子测序主要是利用序列捕获技术，将基因组 DNA 中的外显子区域富集起来，然后通过高通量测序技术（如第二代测序技术 Illumina 测序平台）对富集后的外显子 DN**段进行测序。其大致步骤包括 DNA 提取、片段化、文库构建、外显子捕获、测序和数据分析等。例如，在文库构建过程中，将提取的基因组 DN**段化后，在片段两端连接上特定的接头序列，这些接头序列可以用于后续的扩增和测序反应。然后通过与外显子区域互补的寡核苷酸探针，将外显子片段从全基因组 DNA 文库中 “捕获” 出来，经过清洗去除未结合的 DN**段后，对捕获的外显子文库进行大规模的平行测序。 二代测序可以应用在哪些方面？
二代测序——转录组测序的实验流程（下）
测序
根据研究需求和预算选择合适的测序平台，如 Illumina 测序平台。它的测序原理主要是边合成边测序（SBS）。在测序过程中，dNTP（脱氧核糖核苷三磷酸）带有不同颜色的荧光标记，当新的 dNTP 加入到正在合成的 DNA 链时，通过检测荧光信号来确定碱基类型，从而读取 cDN**段的序列。测序深度（覆盖度）也是一个重要参数，一般来说，测序深度越高，检测到的低表达转录本的概率就越大，但成本也会相应增加。
数据分析
数据质量控制是第一步，要去除低质量的 reads（如含有较多不确定碱基 “N” 的 reads）和接头序列。然后将高质量的 reads 比对到参考基因组或转录组上，常用的比对软件有 TopHat、STAR 等。在确定了 reads 的位置后，就可以计算转录本的表达量，常用的方法有 RPKM（Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads）、FPKM（Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments）等。此外，还可以进行差异表达分析，找出在不同样本条件下（如疾病组和健康组）表达量有***差异的转录本，用于后续的功能注释和通路分析，了解这些转录本可能参与的生物学过程和信号通路。 二代测序是2005年以后开始的吗？上海哪里有二代测序分析
二代测序的流程有哪些？青海嘉安健达二代测序检测
二代测序——RNA甲基化的概念、作用和检测方法
RNA 甲基化概念及位置：RNA 甲基化是在 RNA 分子上添加甲基基团，其中 N6 - 甲基腺苷（m6A）是最常见的一种 RNA 甲基化修饰形式，它主要发生在 mRNA（信使 RNA）的腺嘌呤（A）残基上。
作用
1、影响 RNA 的稳定性：m6A 修饰可以影响 mRNA 的稳定性。例如，一些带有 m6A 修饰的 mRNA 更容易被降解，从而调控基因表达的时间和水平。2、调节 RNA 的剪接和翻译：m6A 修饰还能够调节 mRNA 的剪接过程，影响不同转录本的生成。同时，它也可以在翻译水平上发挥作用，影响蛋白质合成的效率。
检测方法
甲基化 RNA 免疫沉淀测序（MeRIP - Seq）：这种方法主要是利用特异性识别 m6A 修饰的抗体，对 RNA 进行免疫沉淀富集，然后通过高通量测序来鉴定 m6A 修饰的位点和水平。 青海嘉安健达二代测序检测
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