[VIP第1年] 指数:3
01FGFR简介及信号通路成纤维细胞生长因子受体(FGFR)是高度保守、***分布的跨膜酪氨酸激酶受体，包括FGFR1、FGFR2、FGFR3，湖北多靶点迈杰转化医学NGS平台郑重承诺、FGFR4四种受体亚型。成纤维细胞生长因子（FGF）与FGFR结合时，受体二聚化，从而引起受体激酶结构域的细胞内磷酸化、细胞内信号传导和基因转录的级联反应[1]。由FGFR***的信号转导通路包括RAS–RAF–MAPK，湖北多靶点迈杰转化医学NGS平台郑重承诺，湖北多靶点迈杰转化医学NGS平台郑重承诺，PI3K–AKT，STAT和PLC途径，它们参与调控多种生物学过程，如***发育、血管新生、细胞增殖、迁移、抗凋亡等（图1）。图1FGFR信号通路[2-4]当FGFR发生突变或者过表达时，会引起四个关键的下游信号通路的过度***，并进一步诱发正常细胞*变：RAS-RAF-MAPK和PI3K-AKT过度***可分别刺激细胞增殖与分化及抑制细胞凋亡；SATA与促进**侵袭和转移，****逃逸能力密切相关；PLCγ信号通路则是**细胞转移调控的重要途径。 迈杰转化医学为创新药企开展全球多中心临床试验研究，提供中心实验室检测及伴随诊断开发服务。湖北多靶点迈杰转化医学NGS平台郑重承诺
商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。3、LifeTechnologiesSOLID：ABI于2007年底推出SOLID系统，之后不断升级至SOLID4。SOLID测序过程中以连接反应取代聚合反应。具体测序流程为：（1）文库制备：将基因组DNA打断，在其两头加上接头，构建成文库；（2）乳液PCR／磁珠富集。此过程与454测序技术类似；（3）微珠沉积；（4）连接测序；（5）数据分析。454测序、Solexa、Solid均是边合成边测序原理，454和Solid均有乳液PCR过程。IonTorrent:2007年454技术创始人罗森伯格创办IonTorrent。LifeTechnologies于2010年收购了IonTorrent，同年推出个人化基因组测序仪PGM。2012年推出IonProton测序仪。Proton更侧重人基因组、外显子组、全转录组测序。PGM测序仪的设计是基于半导体芯片技术，在半导体芯片的微孔中固定DNA链，随后依次掺入ACGT。随着每个碱基的掺入，释放出氢离子，在它们穿过每个孔底部时能被检测到。不需要激光、照相机或标记。现有平台:Solid3,Solid4(100G),IonPGM和IonProton。 河北全平台迈杰转化医学NGS平台经验丰富迈杰转化医学为生物标志物研究和伴随诊断开发提供科学支持，多层面助力新药研发临床试验。
1、文库把DNA样本片段化或筛分成指定长度的目标序列，再加上寡核苷酸接头（和条形码DN**段的大小是NGS文库构建的主要因素。片段化可以通过不同的方法，比如PCR扩增法。（NGS实验流程相对复杂，在过程中会应用到PCR扩增技术）），用于后续测序上机。2、读长被片段化后的DNA链长度，二代测序通常是100-200bp（bp是双链DNA碱基对单位）。3、通量一次测序上机可以运行的样本（基因）数量。4、测序深度一个基因片段被扫描的次数，测序深度深可提高低频突变检出率和检测准确率。5、全基因组测序一种生物的全部基因序列的测序，人的基因组序列约3G，基因组是一个细胞或者生物体所携带的全部遗传信息。作者：心平气和链接：源：知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。
2015年一项针对4853例各类实体瘤NGS研究表明，FGFR的功能异常发生于7.1%的**样本中，其中基因扩增、基因突变以及染色体重排分别占比为66%、26%及8%，FGFR1、FGFR2、FGFR3及FGFR4在发病患者中占比为3.5%、1.5%、2.0%及0.5%。发生率较高的**有尿路上皮*、胆管*、乳腺*、子宫内膜*、鳞状上皮*等，同时，在肺*、肝*等**中也发现了FGFR的异常***（图3）。图3各类实体瘤中FGFR突变频率[1]04FGFR抑制剂研究现状FGFR抑制剂有望成为泛*种靶向***的新选择，所以FGFR靶点在**领域受关注度极高，目前国内多家药企布局FGFR靶向疗法的研究开发（表2）。表2中国的FGFR抑制剂研发现状05FGFR抑制剂生物标志物研究FGFR抑制剂获批和在研药物，以及相应的临床试验生物标志物研究总结如表3。表3FGFR抑制剂及临床试验生物标志物[7-9]检测FGFR基因变异包括融合、重排、扩增和点突变以及其配体的过表达等，涉及DNA、RNA和蛋白质表达等多个生物学层面，检测方法主要有NGS，qPCR，FISH，IHC以及RNAscope等（表4）。【迈杰转化医学】开发的dMMR抗体检测试剂,检测费用低,技术成熟,临床易开展。
67个y-str基因座分别为：dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4；其中，dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b、dys527a/b分别包含两个分型片段，dyf399s1包含三个分型片段。二、引物组合的制备1、人工设计并合成用于扩增每个基因座的引物(要求扩增长度**好300bp以下)，然后进行pcr扩增，获得每个基因座的特异性扩增产物。2、综合单个基因座的扩增条件，选择适宜扩增程序，进行复合扩增。由于复合的基因座数目较多，引物间相互抑制情况复杂，所以需要一一排除，找出这些基因座，重新设计并合成引物。此外，不同基因座的引物之间还会形成引物二聚体。 迈杰转化医学可以提供覆盖肺ai、肠ai、肝ai、胃ai、乳腺ai、前列腺ai等多种实体瘤的上百项检测项目。湖北多靶点迈杰转化医学NGS平台郑重承诺
MSH6抗体试剂 苏苏械备20180569号.湖北多靶点迈杰转化医学NGS平台郑重承诺
基于以上研究，迈杰转化医学可针对患者分层及各类研究指标提供FGFR抑制剂***中生物标志物研究的整体解决方案，包含：HumanComprehensivePanelMed1CDx；定制的panFGFxpanel；QIAGENtherascreen®FGFRRGQRT-PCRKit；RNAscope检测FGFR1/2/3/4mRNA表达；FISH（FGF19扩增）；IHC（FGF19表达）等（图4）。图4FGFR抑制剂相关的生物标志物整体解决方案➤➤方案1：Med1CDxNGSpanel(601基因)迈杰转化医学的Med1CDx综合panel包含原*基因、遗传性驱动基因、细胞周期基因和免疫/炎症相关基因等601个基因，可用于对TMB、MMR、MSI、免疫检查点分子、**新生抗原和HLA分型等***的分析。对于FGFR抑制剂研究，该panel除了能够检测FGFR基因的SNV/INDEL、基因重排和扩增等异常，也可以评估已知和探索新的耐药变异（图5）。图5Med1CDx基因分布➤➤方案2：定制panelpanFGFx（40基因）值得关注的是，迈杰转化医学针对FGFR抑制剂的研究研发了“小而精”的panFGFxpanel：FGFR1-4探针覆盖基因全部外显子，包括UTR区，覆盖**全，同时检测已知与未知SNV/InDel；针对融合检测，加入了已知融合伙伴的相关探针，提高已知融合检出率；如有新融合发现需求，可提供涵盖全部内含子区版本；针对拷贝数扩增检测。 湖北多靶点迈杰转化医学NGS平台郑重承诺
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