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免疫沉淀RIP实验中磁珠还是琼脂糖珠的选择取决于客户实验情况。
琼脂糖珠海绵状的结构 (直径 50-150 μm) 可以结合抗体 (继而结合靶蛋白) ，它能够直接高效、快速结合抗体，而不需借助特殊的专业设备。琼脂糖珠呈多孔结构，这使得它们拥有更大的表面积可与蛋白质相互接触，具有更高的结合载量。
与琼脂糖珠不同，磁珠是固体，抗体的结合限于磁珠的表面。磁珠 (直径 1-4 μm) 明显小于琼脂糖珠 ，尽管磁珠没有多孔中心增加结合能力，但每体积的磁珠数量比琼脂糖珠多，使磁珠拥有足够的抗体结合表面积满足高容量的抗体结合。
简而言之，琼脂糖珠的结合能力较强，而磁珠在得率，可重复性以及自动化方面有明显的优势。
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“免疫沉淀”一般是指采用固定在固相支持物上的结合蛋白，进行小规模的蛋白质亲和纯化的实验。更确切地说，IP是采用固定在微珠支持物(一般是琼脂糖树脂)上的特定抗体，从复杂的混合物中，纯化单一抗原的实验。固定化蛋白质复合物的组装既可以分步进行，也可以一步完成。
常见的加样顺序：抗体和样本(如细胞裂解物)一起孵育，然后加入亲和微珠，用于捕获抗体-抗原复合物。也可以将抗体和微珠(通过抗体结合蛋白，如蛋白A、G或A/G等，直接或间接结合抗体)先进行孵育，然后再加入含有抗原的样本。当抗原、抗体和固相支持物产生结合以后，充分洗涤微珠，再采用适当的洗脱缓冲液从支持物上洗脱抗原。
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免疫沉淀实验不同于WB实验的样品制备，对实验样品制备要求更高，除了要控制所有操作尽量在冰上完成外，关键的是裂解液的成分，裂解液成分直接决定了样品质量。
主要影响：
1. 蛋白的释放：许多目的蛋白定位在细胞器，质膜，细胞核，细胞骨架中，但通常这些亚细胞结构很难被裂解液有效溶解，所以很难将这些蛋白释放出来。
2. 蛋白相互作用：不同去垢剂对不同性质的蛋白质间相互作用影响程度不同，一些互作较弱的蛋白对尽管在比较温和的裂解液配方中仍然会被破坏。
免疫沉淀技术RIP（RNA Immunoprecipitation，RNA免疫沉淀）的实验方法基于以下几个关键步骤：
1. 细胞裂解：首先，细胞或组织样本被裂解，以释放细胞内的蛋白质和RNA复合物。
2.抗体特异性结合：裂解后的样本中加入针对特定RNA结合蛋白的抗体。这些抗体能够特异性地识别并结合到目标蛋白。
3. 免疫复合物形成：抗体与目标蛋白结合后，形成抗体-蛋白质-RNA复合物。
4. 亲和介质捕获：使用蛋白A或蛋白G结合的珠子（如琼脂糖或磁性珠子）来捕获这些抗体-蛋白质-RNA复合物。蛋白A或蛋白G能够与抗体的Fc部分结合，从而拉下与之结合的复合物。
5. 洗涤：捕获的复合物被洗涤以去除未特异性结合的蛋白质和RNA。
6. RNA分离和分析：从珠子上洗脱或消化复合物，分离出RNA，并进行进一步的分析，如qPCR、Northern blot或高通量测序（RNA-Seq）。
免疫沉淀纯化所得抗原量低是什么原因？
免疫沉淀实验中抗体的选择非常关键，因为抗体的特异性和亲和力直接影响到实验的成功与否。
1. 特异性：抗体应当对目标蛋白具有高度的特异性，以避免与其他蛋白发生非特异性结合，导致假阳性结果。
2. 亲和力：抗体对目标蛋白的亲和力要足够高，以确保在免疫沉淀过程中能够有效地捕获目标蛋白。
3. 抗体类型：单克隆抗体提供更高的特异性和批间一致性，而多克隆抗体可能提供更强的结合能力和更广的表位覆盖。
4. 应用验证：选择已经过验证的抗体，这增加了实验成功的可能性。
5. 供应商信息：选择信誉良好的抗体供应商，并查看供应商提供的技术数据和客户评价，以帮助做出决策。
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ChIP（染色质免疫沉淀）实验是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的技术。以下是ChIP实验的实验设计概述：
1. 目标蛋白的选择：确定您想要研究的目标蛋白，例如特定的转录因子或组蛋白修饰。
2. 样本的准备：根据研究的需要选择合适的细胞或组织样本。
3. 抗体的选择：选择具有高特异性和亲和力的抗体，这对于实验的成功至关重要。
4. 交联：使用甲醛等交联剂将蛋白质与DNA在体内共价结合，形成稳定的蛋白质-DNA复合物。
5. 细胞裂解：裂解细胞以释放染色质，同时保持蛋白质-DNA复合物的完整性。
6. 染色质的剪切：通过超声或酶消化将染色质剪切成适当大小的片段，通常在200-1000 bp之间。
7. 免疫沉淀：使用特定抗体与目标蛋白结合，然后利用蛋白A/G磁珠沉淀复合物。
8. 洗涤和洗脱：洗涤沉淀物以去除未特异性结合的蛋白质和DNA，然后洗脱目标蛋白-DNA复合物。
9. 逆转交联：使用蛋白酶K处理样品以逆转交联，释放DNA。
10. DNA的纯化和分析：纯化DNA并使用qPCR、芯片或测序技术（如ChIP-seq）进行分析。
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