[VIP第1年] 指数:3
RIP实验步骤通常包括：
1. 细胞收集与交联：培养细胞至适当密度。使用交联剂（如甲醛）进行交联，以固定蛋白质-RNA复合物。
2. 细胞裂解：收集细胞并进行裂解，释放RNA-蛋白质复合物。在裂解过程中添加蛋白酶抑制剂以防止蛋白质降解。
3. 超声处理：使用超声波破坏细胞，获得更小的染色质片段，这有助于后续步骤中抗体的接触。
4. 除去细胞碎片：通过离心去除细胞碎片和未裂解的细胞，收集含RNA-蛋白质复合物的上清液。
5. 免疫沉淀：将针对特定RNA结合蛋白（RBP）的抗体加入到上清液中。孵育一段时间，使抗体与目标蛋白充分结合。
6. 捕获免疫复合物：添加蛋白A或蛋白G结合的磁珠或琼脂糖珠。孵育使抗体-蛋白质-RNA复合物与珠子结合。
7. 洗涤：多次洗涤珠子以去除未特异性结合的蛋白质和RNA。
8. 洗脱与逆转交联：使用适当的缓冲液洗脱免疫复合物。使用蛋白酶K处理样品以逆转交联，释放RNA。
9. RNA提取与纯化：从免疫沉淀样品中提取RNA，并进行纯化。
10. RNA分析：使用qPCR、Northern blot、RNA-Seq等方法分析沉淀的RNA，以确定与目标蛋白相互作用的RNA种类。
免疫沉淀技术ChIP实验步骤。杭州anti Flag免疫沉淀选磁珠还是琼脂糖珠
Co-IP的实验步骤：
1. 细胞裂解：首先，细胞或组织被裂解，释放其中的蛋白质。
2. 抗体结合：然后，将特异性抗体（针对已知蛋白质之一的抗体）加入到裂解物中。这些抗体会特异性地结合到目标蛋白（诱饵蛋白）上。
3. 免疫复合物形成：抗体与目标蛋白结合后，形成免疫复合物。
4. 沉淀：接着，使用蛋白A或蛋白G结合的珠子（如琼脂糖或磁性珠子）来捕获免疫复合物。蛋白A或蛋白G能够与抗体的Fc部分结合，从而拉下抗体以及与之结合的目标蛋白和任何相关的相互作用蛋白。
5. 洗涤：捕获的免疫复合物被洗涤以去除未特异性结合的蛋白质。
6. 洗脱和分析：免疫复合物被洗脱并进行进一步的分析，如Western blot（WB）或质谱分析，以鉴定相互作用的蛋白质。
杭州anti Flag免疫沉淀选磁珠还是琼脂糖珠免疫沉淀技术Co-IP的优缺点是什么？
免疫沉淀纯化所得抗原纯度低一般有多种原因：
1. 非特异性蛋白污染
如果洗脱所得抗原纯度较低，则有几种方法可以进行优化。在结合或洗涤缓冲液中加入去污剂或其他可以降低非特异性结合的组分。使用普通微珠预纯化样本还可以降低非目标分子的共纯化。此外，还可以使用无关蛋白 (如BSA) 封闭微珠 。
2. 抗体污染
使用蛋白A、G或A/G的经典免疫沉淀实验中会出现抗体与抗原共洗脱的情况。如果共洗脱会影响下游分析，则需要使用抗体通过共价连接固定至微珠的方法进行实验，如Pierce 直接 IP 或交联 IP 的形式。
Co-IP的优势：
1. 生理相关性：Co-IP可以在接近生理条件的条件下捕获蛋白质相互作用。
2. 特异性：使用特异性抗体可以提高实验的特异性。
3. 广泛应用：Co-IP技术适用于多种样本类型，包括细胞培养、组织样本等。
Co-IP的局限性：
1. 抗体依赖性：需要高质量的特异性抗体，否则可能得到假阳性或假阴性结果。
2. 非特异性结合：可能存在非特异性结合问题，需要仔细的实验设计和对照来控制。
3. 技术挑战：对于低丰度或弱相互作用的蛋白质，Co-IP可能面临技术挑战。
免疫沉淀IP抗体的选择？
免疫沉淀实验步骤：
1. 样品制备
a. 悬浮细胞样品处理：离心收集细胞（4℃, 1000g, 5 min），用手指把细胞用力弹散。按照6孔板每孔细胞加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制剂的裂解液（裂解液应在使用前数分钟内加入蛋白酶抑制剂Cocktail，使蛋白酶抑制剂Cocktail的终浓度为1×）。混匀后置于冰上处理10 min；离心收集上清液（4℃, 14000g, 10 min），置于冰上备用（或置于-20℃长期保存）。
b. 贴壁细胞样品处理：移去培养基，用PBS清洗细胞两遍；用细胞刮棒刮脱细胞，收集至1.5mL EP管内，按照6孔板每孔加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制剂的裂解液（裂解液应在使用前数分钟内加入蛋白酶抑制剂Cocktail，使蛋白酶抑制剂Cocktail的终浓度为1×）。吹打数下，使裂解液和细胞充分接触。混匀后置于冰上处理10 min；离心收集上清液（4℃, 14000g, 10 min），置于冰上备用（或置于-20℃长期保存）。
4. 后续：磁珠预处理——抗体吸附——抗原结合反应——抗体洗脱
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免疫沉淀（immunoprecipitation）是指利用抗体可与抗原特异性结合的特性，将抗原（常为靶蛋白）从混合体系沉淀下来，初步分离靶蛋白的一种方法。免疫共沉淀（coimmunoprecipitation）是一种在体外探测两个蛋白分子间是否存在特异性相互作用的一种方法。其原理非常简单，如果两个蛋白在体外体系能够发生特异性相互作用的话，那么当用一种蛋白的抗体进行免疫沉淀时，另一个蛋白也会被同时沉淀下来。与酵母双杂交技术不同，免疫共沉淀技术所利用的是抗原和抗体间的免疫反应，是一种基于体外非细胞的环境中研究蛋白质与蛋白质的相互作用的方法。 杭州anti Flag免疫沉淀选磁珠还是琼脂糖珠
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