[VIP第1年] 指数:3
免疫沉淀技术（Immunoprecipitation, IP）是一种用于研究蛋白质相互作用、蛋白质复合物组成以及特定蛋白质的表达和纯化的实验技术。
基本原理
免疫沉淀技术基于抗体与特定蛋白质（抗原）之间的特异性相互作用。通过使用针对目标蛋白质的特异性抗体，可以从含有多种蛋白质的复杂样本中捕获并富集目标蛋白质。
免疫沉淀技术有多种类型，包括：
1. 个别免疫沉淀法（Individual IP）
2. 免疫共沉淀法（Co-IP）
3. 染色质免疫沉淀法（ChIP）
4. RNA免疫沉淀法（RIP）
近年来，免疫沉淀技术在固相支持物的选择上有了很大进步。磁性微珠因其操作简便、快速和自动化程度高而逐渐取代了传统的琼脂糖树脂。
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免疫沉淀纯化所得抗原纯度低一般有多种原因：
1. 非特异性蛋白污染
如果洗脱所得抗原纯度较低，则有几种方法可以进行优化。在结合或洗涤缓冲液中加入去污剂或其他可以降低非特异性结合的组分。使用普通微珠预纯化样本还可以降低非目标分子的共纯化。此外，还可以使用无关蛋白 (如BSA) 封闭微珠 。
2. 抗体污染
使用蛋白A、G或A/G的经典免疫沉淀实验中会出现抗体与抗原共洗脱的情况。如果共洗脱会影响下游分析，则需要使用抗体通过共价连接固定至微珠的方法进行实验，如Pierce 直接 IP 或交联 IP 的形式。
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免疫沉淀纯化所得抗原量低有多种原因，
A. 纯化所得抗原量低
1. 抗原结合水平低
IP 应用中出现低抗原结合水平的可能原因有很多，结合反应所使用的溶液是重要原因之一。必须使用适合的缓冲液，有特定的pH和盐浓度，可能还需要添加互作所需的辅助因子。IP 或Co-IP 中用于纯化的抗体是影响得率的另一个重要因素。如果抗体本身易失活或与抗原结合微弱，则可能很难找到足够温和的条件，即能产生结合，又能保证在孵育和洗涤过程中结合可以稳定保持。
2. 抗原洗脱水平低
在某些情况下，抗原与抗体或结合蛋白结合之间可能会发生极强的相互作用，传统的洗脱缓冲液无法将其破坏。如果需要使用温和洗脱缓冲液收集功能性抗原，则上述矛盾尤为突出。
免疫沉淀技术（Immunoprecipitation, IP）的实验设计通常包括以下几个关键步骤：
1. 目标蛋白质的选择：
2. 抗体的选择：选择特异性强、亲和力高的抗体来捕获目标蛋白质
3. 样本的准备：收集和准备细胞或组织样本。
4. 蛋白质的裂解和释放：选择合适的裂解条件，如pH值、离子强度、去污剂等。
5. 蛋白质浓度的测定：确定裂解液中蛋白质的浓度，以便于后续步骤的标准化。
6. 免疫沉淀的操作：将特异性抗体与裂解液混合，并在适宜的条件下孵育，以形成抗体-抗原复合物。
7. 非特异性结合的减少：通过预纯化步骤去除可能的非特异性结合蛋白。
8. 洗涤：多次洗涤以去除未结合的蛋白质和杂质。
9. 目标蛋白质的洗脱：使用适当的缓冲液洗脱抗体-抗原复合物。
10. 后续分析：对洗脱的蛋白质进行进一步分析，如Western Blot.
11. 对照实验：设计适当的正对照和负对照，以评估实验的特异性和敏感性。
免疫沉淀技术的实验方法。
“免疫沉淀”一般是指采用固定在固相支持物上的结合蛋白，进行小规模的蛋白质亲和纯化的实验。更确切地说，IP是采用固定在微珠支持物(一般是琼脂糖树脂)上的特定抗体，从复杂的混合物中，纯化单一抗原的实验。固定化蛋白质复合物的组装既可以分步进行，也可以一步完成。
常见的加样顺序：抗体和样本(如细胞裂解物)一起孵育，然后加入亲和微珠，用于捕获抗体-抗原复合物。也可以将抗体和微珠(通过抗体结合蛋白，如蛋白A、G或A/G等，直接或间接结合抗体)先进行孵育，然后再加入含有抗原的样本。当抗原、抗体和固相支持物产生结合以后，充分洗涤微珠，再采用适当的洗脱缓冲液从支持物上洗脱抗原。
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免疫共沉淀分析（Co-IP）实验原理与IP十分类似，基本的技术都是采用目标抗原特异性的固相化抗体；但IP的目标是纯化单一抗原，而Co-IP旨在分离抗原及与抗原结合的蛋白质或配体。
在Co-IP实验中，已知抗原称为诱饵蛋白，与之结合的蛋白则称为靶蛋白。靶蛋白可能是一些复杂的伴侣蛋白、信号分子、结构蛋白、辅助因子等，蛋白间相互作用强度范围可能介于高度瞬时和十分稳定之间。基本的Co-IP实验方案与IP相同，实际上任何IP系统均可用于Co-IP。但是，还有许多其他因素需要考虑，例如，结合和洗涤条件的优化，优化时，需要考虑到诱饵蛋白-靶蛋白的相互作用强度以及抗体-诱饵蛋白的亲和力。
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